Az új GMO szabályozás, melyről az Európai Parlament a Tanáccsal való december negyediki megállapodást követően második olvasatban tárgyal, a tanácsi előterjesztéshez képest nagyobb mozgásteret nyújt a tagállamoknak a GMO termesztés tiltására, de jelentős visszalépést jelent a Parlament első olvasatban elfogadott álláspontjához képest. Az új irányelv legfeljebb részsikerként, de inkább sikertelenségként könyvelhető el, számos fontos kérdés, mint pl. a határon átnyúló szennyezésekből eredő károkozás, illetve a génmódosított növények termesztése révén keletkezett károkért viselt felelősség nyitott, rendezetlen maradt.
Utóbbi kérdés tartós, megnyugtató rendezését, a szennyező fizet elv tényleges érvényesítését nem sikerült elérni, mivel a Tanács sajnos nem támogatta a Parlament szigorúbb álláspontját, a szennyezés megelőzésére és kezelésére vonatkozó kötelező intézkedéseket előírását. Ehhez kapcsolódik a károkért viselt,alapvetően a biotechnológiai cégekre visszavezetendő pénzügyi felelősségének ügye, amelyre szintén csak homályos utalást tartalmaz a végső szöveg.
Ez a gyakorlatban azt jelenti, hogy továbbra is a vétlen fél, vagyis a károsult tagállam, annak hatósága, gazdálkodói és adófizetői viselhetik a szennyezésből eredő terheket.
A Tanácsnak határozottabban ki kellett volna állnia a GMO-mentes tagállamok jogos érdekeinek védelme mellett.
Emellett továbbra is elengedhetetlen az uniós szintű engedélyezés és a kockázatfelmérési eljárás reformja. Nem hagyhatjuk, hogy a tagállami tiltás lehetővé tétele az uniós GMO-engedélyezés felületesebbé válását eredményezze.